Una invitación por parte de la Secretaría de Salud de Oaxaca incitó a que Puente iniciara sus programas de salud pública y desarrollo comunitario en respuesta a estudios llevados a cabo por estudiantes universitarios. Después de dos veranos de ser un proyecto estudiantil, Puente comenzó a operar como proyecto permanente del Houston Advanced Research Center (Centro de Estudios Avanzados en Houston) en marzo del 2003.

En junio del 2004, Puente recibió su estatus 501(c)(3) en los Estados Unidos y actualmente opera como una organización benéfica pública de los Estados Unidos. Puente también ha sido reconocido como Asociación Civil en México desde noviembre del 2005.